Le centre assure une mission d'expertise nationale et de diffusion des connaissances et des bonnes pratiques dans le domaine des maladies lymphatiques et vasculaires rares. En tant que site constitutif en lymphologie, il apporte en outre une complémentarité de recours, de recherche et de formation. A ces fins, le CRC-MLVR s’organise autour d’une équipe pluriprofessionnelle et pluridisciplinaire hautement spécialisée (voir l’organigramme dans la rubrique « Centre de référence ») ayant une expertise avérée dans la prise en charge des lymphœdèmes et des malformations lymphovasculaires chez l’enfant et l’adulte.

La mission du Centre est aussi de faire progresser la recherche médicale pour développer de nouveaux traitements, élaborer les protocoles de prises en charge, former les professionnels de santé, communiquer auprès des patients. A ce titre, le Centre de référence travaille avec l'association de patients Association vivre mieux le lymphoedème (AVML) créée à Montpellier en 1996 par le professeur Janbon, alors chef de service de Médecine interne à l’hôpital Saint-Eloi.

Les missions du Centre sont nationales et associées aux sociétés savantes telles la Société française de médecine vasculaire (SFMV) et la Société française du lymphœdème (SFL).
A l'international, le Centre travaille de concert avec la Société européenne de médecine vasculaire (ESMV) et Lymphatic Education & Research Network (LE&RN).
Il travaille également avec l’International Lymphœdèma Framework (ILF), structure anglaise mixte composée de patients et de professionnels, et avec le Partenariat français du lymphœdème (PFL), association loi 1901.

Les travaux du Centre portent sur la caractérisation clinique des mutations associées aux lymphœdèmes primaires, sur l'identification des besoins médicaux psychos sociaux des enfants et des adultes jeunes atteints de lymphoedeme, et le dévéloppement d'outils d'évaluation dédiés. Dans ce cadre, des camps de loisirs et d’éducation thérapeutique pour les familles concernées sont organisés tous les ans. Ce travail collaboratif permet de réaliser des études qualitatives psychosociales avec des films d’information et d’outils d’aide à l’expression des enfants.